Wynalezienie lekarstwa odwracającego proces mutowania prowadzi do odwrócenia biegu historii. Po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy też wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne...

Agent Robert Scott (Val Kilmer) ma za zadanie odnaleźć porwaną córkę prezydenta USA - Laurę Newton (Kristen Bell). Jego partnerem zostaje niedoświadczony Curtis (Derek Luke). Razem wpadają na trop handlarzy ludźmi, którzy mogą mieć związek ze zniknięciem dziewczyny. Kiedy są bliscy...

Konflikt między ludźmi a X-Menami trwa. Sprawę zaognia jeszcze atak nieznanego mutanta na prezydenta Stanów Zjednoczonych. Tym razem do akcji wchodzi przywódca ruchu na rzecz ograniczenia praw mutantów, były komandor armii amerykańskiej Williams Stryker. Atakuje on szkołę Charlesa Xaviera...